บทที่ 1 ว่าด้วยระบบเกษตรในประเทศไทย เป็นการปูพื้นฐานความรู้เรื่องระบบเกษตรในไทย การทำความรู้จักกับระบบเกษตรทางเลือก การทำความเข้าใจในเรื่องผลิตภัณฑ์จากการเกษตรปลอดสารพิษ การรับรองมาตรฐานสินค้าเกษตร แนวโน้มการทำเกษตรอินทรีย์ในไทย ตลาดสินค้าเกษตรอินทรีย์ รวมทั้ง บทวิเคราะห์เกี่ยวกับการขยายตัวของสินค้าเกษตรอินทรีย์ และสาเหตุที่ทำให้สินค้าอินทรีย์และเกษตรธรรมชาติไม่แพร่หลายในไทย
บทที่ 2 เป็นเรื่องของแนวคิดและทฤษฎีเกษตรธรรมชาติที่ ได้แก่ แนวคิดเกษตรธรรมชาติฟูกูโอกะ แนวคิดเกษตรธรรมชาติคิวเซ และแนวคิดเกษตรธรรมชาติเกาหลี
บทที่ 3 บทบาทและความสำคัญของจุลลินทรีย์ที่มีผลต่อความอุดมสมบูรณ์ของดิน การหมุนเวียนธาติอาหาร การทำปุ๋ยหมักและการหมักน้ำหมักชีวภาพ
บทที่ 4 ว่าด้วยเทคนิคปฏิบัติในการเก็บจุลลินทรีย์ท้องถิ่นและวิธีการนำไปใช้
บทที่ 5 ความแตกต่างและหน้าที่ของปุ๋ยอินทรีย์และปุ๋ยชีวภาพแต่ละชนิดที่ใช้ในระบบเกษตรธรรมชาติ เทคนิควิธีการทำปุ๋ย และการนำไปใช้
บทที่ 6 เทคนิคการผลิตและประโยชน์ของน้ำหมักชีวภาพแต่ละชนิด
บทที่ 7 คุณลักษณะน้ำหมักชีวภาพที่ดีและสารอาหารที่พืชจะได้รับจากน้ำหมักชีวภาพ
บทที่ 8 วิธีการใช้น้ำสัมควันไม้ที่ถูกต้อง วิธีการสกัด ข้อควรระวัง และประโยชน์ของน้ำส้มควันไม้ในการเกษตรธรรมชาติ
บทที่ 9 เทคนิคการใช้ปัจจัยการผลิตในระบบเกษตรธรรมชาติจากทฤษฎีวัฏจักรธาติอาหารของพืช
บทที่ 10 เทคนิคการผลิตพืชในระบบเกษตรธรรมชาติ ในเรื่องของการบำรุงเมล็ดพันธุ์และต้นกล้า การบำรุงดิน การส่งเสริมการเจริญเติบโตของพืช และเทคนิคการปลูกพืชประเภทต่างๆในระบบเกษตรธรรมชาติ
บทที่ 11 เทคนิคการผลิตสัตว์ในระบบเกษตรธรรมชาติ การใช้จุลลินทรีย์และน้ำหมักชีวภาพในการเลี้ยงสัตว์ รวมทั้งการเลี้ยงไก่ สุกร(หมูหลุม) แพะ ปลา และกบในระบบเกษตรธรรมชาติ
บทที่ 12 การป้องกันกำจัดศัตรูพืชและสัตว์ในระบบเกษตรธรรมชาติ การกำจัดศัตรูพืชทางกายภาพ การใช้สารล่อแมลง การใช้สมุนไพร การใช้ชีววิธี และการใช้สมุนไพรในการเลี้ยงสัตว์
