นอกจากนี้ กระทรวงพาณิชย์ยังมีแผนการพัฒนาผู้ประกอบการ โดยการจัดกิจกรรมอบรมร่วมกันกับสมาคมการค้าเกษตรอินทรีย์ไทย ซึ่งจะพยายามจัดการอบรมให้กระจายออกไปตามภูมิภาคต่างๆ รวมทั้งการสนับสนุนให้มีการพัฒนาสินค้าและบริการใหม่ๆ เกี่ยวกับเกษตรอินทรีย์ ตลอดจนการสนับสนุนการพัฒนาระบบโลจิสติคส์ และการจัดทำระบบข้อมูลข่าวสารด้านตลาดเกษตรอินทรีย์ เพื่อให้บริการกับผู้ประกอบการค้าเกษตรอินทรีย์ ผ่านทางเว็บไซต์ศูนย์ปฏิบัติการข้อมูลการตลาดสินค้าเกษตรอินทรีย์
ทางกระทรวงพาณิชย์ยังสนใจที่จะผลักดันให้มีการพัฒนาเกษตรอินทรีย์ในระดับ ภูมิภาค ASEAN โดยหวังว่า จะมีความร่วมมือทางธุรกิจระหว่างผู้ประกอบการในภูมิภาค ทั้งในลักษณะของฐานการผลิต หรือโอกาสทางการตลาดภายในภูมิภาค
อีกแผนงานหนึ่งที่กระทรวงพาณิชย์สนใจผลักดัน คือ การส่งเสริมเกษตรอินทรีย์ในลักษณะบูรณาการเชิงพื้นที่ โดยเลือกเกาะพะงัน ในจังหวัดสุราษฎร์ธานี เป็นพื้นที่นำร่อง โดยจะสนับสนุนให้มีการพัฒนาแบบยั่งยืนที่เป็นองค์รวม ทั้งในภาคการเกษตร ธุรกิจท่องเที่ยว การศึกษา เป็นต้น
การปรึกษาหารือระหว่างสมาคมการค้าเกษตรอินทรีย์กับกระทรวงพาณชิย์นี้นับ เป็นก้าวสำคัญของความร่วมมือรัฐ-เอกชนในการพัฒนาเกษตรอินทรีย์ไทยที่สำคัญ หนึ่ง เพราะที่ผ่านมา หน่วยงานภาครัฐมักจะวางแผนและจัดกิจกรรมพัฒนาเกษตรอินทรีย์เอง โดยภาคเอกชนเป็นเพียงแค่ผู้เข้าร่วมหนึ่ง ทั้งๆ ที่การพัฒนาเกษตรอินทรีย์ไทยในช่วงเกือบ 20 ปีที่ผ่านมาเกิดขึ้นจากการขับเคลื่อนของภาคเอกชน แต่เมื่อภาครัฐหันมาให้ความสนใจในเรื่องเกษตรอินทรีย์ กลับไม่ใส่ใจที่จะทำงานร่วมกับภาคเอกชนเท่าไหร่นัก ทำให้เกิดการทำงานแบบไม่ประสานงานกัน ดังนั้น พันธมิตรความร่วมมือในครั้งนี้จึงเป็นนิมิตรหมายใหม่ที่น่าจะทำให้เกษตร อินทรีย์ไทยพัฒนาไปได้เร็วขึ้น
