ความตื่นตัวในเรื่องความปลอดภัยด้านอาหารในประเทศไทยเกิดขึ้นมานานพอควร นับย้อนหลังไปนานกว่า 30 ปี โดยความตื่นตัวดังกล่าวเกิดขึ้นก่อนในหมู่ผู้บริโภค ที่สนใจในเรื่องการบริโภคอาหารธรรมชาติและเป็นห่วงใยเกี่ยวกับผลกระทบต่อสุขภาพจากการบริโภคอาหารที่มีสารเคมีการเกษตรตกค้างและปนเปื้อนอยู่มาก ประกอบกับปัญหาผลกระทบทางสิ่งแวดล้อมจากการใช้สารเคมีการเกษตรโดยขาดความรับผิดชอบและขาดการควบคุมดูแล ทำให้มีการผลักดันให้มีการพัฒนามาตรฐานการผลิต-การแปรรูปสำหรับสินค้าอาหารออกมามากมาย ทั้งโดยหน่วยงานภาครัฐและเอกชน
ในระยะแรก การตรวจรับรองมาตรฐานจะเน้นที่การรับรองผลผลิต โดยการสุ่มผลผลิตการเกษตรมาตรวจหาสารเคมีตกค้างในห้องปฏิบัติการ (เช่น ผลผลิตปลอดภัยจากสารพิษ หรือ “ผักผลไม้อนามัย” ของกรมวิชาการเกษตร ในปี 2526) แต่การตรวจวิธีนี้ต้องใช้เวลานานและค่าใช้จ่ายสูง จึงได้มีการพัฒนาชุดเครื่องมือทดสอบแบบง่ายๆ ซึ่งใช้เวลาไม่นานและไม่แพงมากนัก (แต่ก็จะมีข้อจำกัดเกี่ยวกับความถูกต้องของผลการตรวจ และชนิดของสารเคมีการเกษตรที่สามารถตรวจได้)
ชุดทดสอบสารเคมีตกค้างนี้ได้ทำให้เกิดความตื่นตัวอย่างมากในการตรวจสารเคมีตกค้างในผลผลิต และได้นำมาซึ่งการพัฒนาและจัดทำมาตรฐานอีกหลายระบบ (เช่น ผลผลิตปลอดภัยจากสารพิษ ของกรมส่งเสริมการเกษตร, การรับรองระบบตรวจสอบสารพิษตกค้างในผักสด/ผลไม้สด ของกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์)
ในขณะที่ภาคราชการมุ่งที่การพัฒนามาตรฐานอาหารปลอดภัย โดยเน้นที่การตรวจรับรองผลผลิต ภาคเอกชน โดยการริเริ่มขององค์กรพัฒนาเอกชนได้พัฒนาระบบการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์ขึ้น (สำนักงานมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ตั้งขึ้นในปี 2538) โดยเน้นที่การตรวจรับรองการบริหารจัดการฟาร์มและผลผลิต ไม่ใช่ที่ตัวผลผลิตเท่านั้น ซึ่งเป็นไปตามแนวทางการตรวจรับรองที่ใช้ในสากล ภายใต้การผลักดันของสมาพันธ์เกษตรอินทรีย์นานาชาติ (IFOAM)
หลังจากที่ภาคเอกชนได้ริเริ่มการพัฒนา ระบบการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์มาระยะหนึ่ง หน่วยงานราชการจึงได้หันมาสนใจในการพัฒนาระบบรับรองเกษตรอินทรีย์ขึ้นมาบ้าง (สถาบันพืชอินทรีย์ กรมวิชาการเกษตร ตั้งขึ้นในปี 2544)
ในขณะเดียวกัน หน่วยงานราชการที่รับผิดชอบในเรื่องอาหารปลอดภัยได้เริ่มที่จะเปลี่ยนแนวคิด ในเรื่องการตรวจรับรอง จากเดิมที่เป็นการตรวจผลผลิต มาเป็นการตรวจการบริหารจัดการฟาร์มแทน ซึ่งทำให้มีการพัฒนาระบบมาตรฐานเกษตรดีที่เหมาะสมขึ้น (เช่น เกษตรดีที่เหมาะสมสำหรับพืช โดยกรมวิชการเกษตร ในปี 2546, การปฏิบัติที่ดี หรือ CoC ของกรมประมง)
นอกจากนี้แล้ว ยังมีความพยายามในการพัฒนามาตรฐานเกษตร ที่เฉพาะสำหรับสมาชิกในกลุ่มของตัวเอง โดยเฉพาะในหมู่องค์กรพัฒนา เช่น มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ ขององค์กรมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ภาคเหนือ, มาตรฐานเกษตรธรรมชาติ ของมูลนิธิเอ็มโอเอไทย, กสิกรรมไร้สารพิษ เป็นต้น หรือแม้แต่ซุปเปอร์มาร์เก็ตบางแห่งก็ได้พัฒนามาตรฐานและตรารับรองผลิตภัณฑ์ ของตัวเองขึ้นด้วย (เช่น วงจรคุณภาพของคาร์ฟูร)
โดยภาพรวมแล้ว การมีระบบมาตรฐานและการตรวจรับรองสำหรับระบบเกษตรต่างๆ ในประเทศไทยน่าจะเป็นผลดีต่อผู้ผลิต เพราะอย่างน้อยก็ทำให้เกิดความแตกต่างของผลผลิต ซึ่งช่วยสร้างโอกาสทางการตลาดใหม่เพิ่มขึ้น แต่สำหรับผู้บริโภคแล้ว การมีมาตรฐานและตรารับรองหลากหลายทำให้เกิดความสับสน เพราะผู้บริโภคไม่สามารถที่จะเข้าใจถึงรายละเอียดมาตรฐานทางเทคนิค (ซึ่งที่จริงแล้ว แม้แต่นักวิชาการและเจ้าหน้าที่ราชการเองก็ยังไม่เข้าใจและสับสนในมาตรฐาน ต่างๆ)
ในประเทศไทย สามารถแบ่งการรับรองมาตรฐานอาหารและสินค้าเกษตรได้เป็น 2 กลุ่ม คือ (ก) เกษตรอินทรีย์-เกษตรยั่งยืน ที่เน้นในเรื่องการอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม และ (ข) อาหารปลอดภัย ที่เน้นในเรื่องความปลอดภัยต่อผู้บริโภค
| ประเภท | ตัวอย่างมาตรฐาน | ปุ๋ยเคมี | สารเคมีกำจัดศัตรูพืช | สารเคมีกำจัดวัชพืช |
| อาหารปลอดภัย | – ปลอดภัยจากสารพิษ
– เกษตรดีที่เหมาะสม |
อนุญาตให้ใช้ | อนุญาตให้ใช้ | อนุญาตให้ใช้ |
| เกษตรอินทรีย์- เกษตรยั่งยืน | – เกษตรอินทรีย์
– เกษตรธรรมชาติ – กสิกรรมไร้สารพิษ |
ไม่อนุญาตให้ใช้ | ไม่อนุญาตให้ใช้ | ไม่อนุญาตให้ใช้ |
จากการสำรวจสินค้าการเกษตรในตลาดในประเทศไทยโดยกรีนเนท ในช่วงกลางปี 2554 พบว่ามีการใช้ตรารับรองผลผลิตเกษตรทั้งหมด 12 ตรารับรอง ดังนี้
| ตรารับรอง | มาตรฐาน | หน่วยรับรอง |
 |
มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ ที่ตั้งอยู่ในเกณฑ์มาตรฐานเกษตรอินทรีย์สากลของสมาพันธ์เกษตรอินทรีย์นานาชาติ (IFOAM) | สำนักงานมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ (มกท.) เป็นหน่วยงานของมูลนิธิมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ ซึ่งเป็นองค์กรของภาคเอกชนไทย |
 |
มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ ที่จัดทำขึ้นโดยการมีส่วนร่วมของเกษตรกรและผู้บริโภคในจังหวัดเชียงใหม่ | องค์กรมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ภาคเหนือ(มอน.) เป็นองค์กรเอกชน ที่ตั้งอยู่ที่จังหวัดเชียงใหม่ และให้บริการตรวจสอบรับรองเกษตรอินทรีย์เฉพาะในภาคเหนือ |
 |
มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ ที่จัดทำขึ้นโดยหน่วยงานต่างๆ ในสังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ | สถาบันพืชอินทรีย์ (กรมวิชาการเกษตร) ศูนย์ตรวจรับรองมาตรฐานฟาร์มและผลิตภัณฑ์สัตว์น้ำอินทรีย์ (กรมประมง) และกรมปศุสัตว์ |
 |
มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ ที่จัดทำโดยแผนงานเกษตรอินทรีย์แห่งชาติ (National Organic Program – NOP) กระทรวงเกษตรสหรัฐ | มีหน่วยงานหลายแห่งที่สามารถให้บริการตรวจสอบรับรองตามมาตรฐานนี้ได้ ส่วนใหญ่เป็นหน่วยตรวจรับรองต่างประเทศ ในประเทศไทย มีเพียง มกท. แห่งเดียว ที่สามารถให้บริการตรวจรับรองตามมาตรฐานนี้ได้ |
|
มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ของสหภาพยุโรป
(โลโก้บน เป็นโลโก้เดิม ที่กำลังจะเลิกใช้ ส่วนโลโก้ล่าง เป็นโลโก้ใหม่) |
มีหน่วยงานหลายแห่งที่สามารถให้บริการตรวจสอบรับรองตามมาตรฐานนี้ได้ ส่วนใหญ่เป็นหน่วยตรวจรับรองต่างประเทศ ในประเทศไทย มีเพียง มกท. แห่งเดียว ที่สามารถให้บริการตรวจรับรองตามมาตรฐานนี้ได้ |
 |
มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ของหน่วยตรวจสอบรับรองเอกชน Bio AgriCert | ฺBio AgriCert เป็นหน่วยงานรับรองเอกชนของประเทศอิตาลี ซึ่งผู้ผลิตจะต้องได้รับการตรวจรับรองจากหน่วยงานนี้เท่านั้นจึงจะใช้ตรารับรองมาตรฐานี้ได้ |
 |
มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ของหน่วยตรวจสอบรับรองเอกชน Eco Cert | เป็นหน่วยงานรับรองเอกชนของประเทศฝรั่งเศส ซึ่งผู้ผลิตจะต้องได้รับการตรวจรับรองจากหน่วยงานนี้เท่านั้นจึงจะใช้ตรารับรองมาตรฐานี้ได้ |
 |
มาตรฐานเกษตรดีที่เหมาะสม ซึ่งเป็นเกณฑ์มาตรฐานอาหารปลอดภัย ของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ | หน่วยราชการในสังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ โดยการกำกับดูแลของสำนักงานมาตรฐานเกษตรและอาหารแห่งชาติ (มกอช.) |
 |
มาตรฐานผักและผลไม้ปลอดภัยจากสารพิษ หรือ “อนามัย” ซึ่งเป็นเกณฑ์มาตรฐานอาหารปลอดภัยของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ | หน่วยราชการในสังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ |
 |
มาตรฐานสำหรับการรับรองระบบตรวจสอบสารพิษตกค้าง ในผักสด/ผลไม้สด ซึ่งเป็นระบบมาตรฐานความปลอดภัยของอาหารแบบหนึ่ง | กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข |
