ในระยะแรก การตรวจรับรองมาตรฐานจะเน้นที่การรับรองผลผลิต โดยการสุ่มผลผลิตการเกษตรมาตรวจหาสารเคมีตกค้างในห้องปฏิบัติการ (เช่น ผลผลิตปลอดภัยจากสารพิษ หรือ “ผักผลไม้อนามัย” ของกรมวิชาการเกษตร) แต่การตรวจวิธีนี้ต้องใช้เวลานานและค่าใช้จ่ายสูง จึงได้มีการพัฒนาชุดเครื่องมือทดสอบแบบง่ายๆ ซึ่งใช้เวลาไม่นานและไม่แพงมากนัก (แต่ก็จะมีข้อจำกัดเกี่ยวกับความถูกต้องของผลการตรวจ และชนิดของสารเคมีการเกษตรที่สามารถตรวจได้)
ชุดทดสอบ สารเคมีตกค้างนี้ได้ทำให้เกิด ความตื่นตัวอย่างมากในการตรวจสารเคมีตกค้างในผลผลิต และได้นำมาซึ่งการพัฒนาและจัดทำมาตรฐานอีกหลายระบบ (เช่น ผลผลิตปลอดภัยจากสารพิษ ของกรมส่งเสริมการเกษตร, การรับรองระบบตรวจสอบสารพิษตกค้างในผักสด/ผลไม้สด ของกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์)
ในขณะที่ภาคราชการมุ่งที่ การพัฒนา มาตรฐานอาหารปลอดภัย โดยเน้นที่การตรวจรับรองผลผลิต ภาคเอกชน โดยการริเริ่มขององค์กรพัฒนาเอกชนได้พัฒนาระบบการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์ ขึ้น (สำนักงานมาตรฐานเกษตรอินทรีย์) โดยเน้นที่การตรวจรับรองการบริหารจัดการฟาร์มและผลผลิต ไม่ใช่ที่ตัวผลผลิตเท่านั้น ซึ่งเป็นไปตามแนวทางการตรวจรับรองที่ใช้ในสากล ภายใต้การผลักดันของสมาพันธ์เกษตรอินทรีย์นานาชาติ (IFOAM)
หลัง จากที่ภาคเอกชนได้ริเริ่มการพัฒนา ระบบการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์มาระยะหนึ่ง หน่วยงานราชการจึงได้หันมาสนใจในการพัฒนาระบบรับรองเกษตรอินทรีย์ขึ้นมาบ้าง (สถาบันพืชอินทรีย์ กรมวิชาการเกษตร)
ในขณะเดียวกัน หน่วยงานราชการที่รับผิดชอบในเรื่องอาหารปลอดภัยได้เริ่มที่จะเปลี่ยนแนวคิด ในเรื่องการตรวจรับรอง จากเดิมที่เป็นการตรวจผลผลิต มาเป็นการตรวจการบริหารจัดการฟาร์มแทน ซึ่งทำให้มีการพัฒนาระบบมาตรฐานเกษตรดีที่เหมาะสมขึ้น (เช่น เกษตรดีที่เหมาะสมสำหรับพืช โดยกรมวิชการเกษตร, การปฏิบัติที่ดี หรือ CoC ของกรมประมง และ … สำนักงานมาตรฐาน
นอกจากนี้แล้ว ยังมีความพยายามในการพัฒนามาตรฐานเกษตร ที่เฉพาะสำหรับสมาชิกในกลุ่มของตัวเอง โดยเฉพาะในหมู่องค์กรพัฒนา เช่น มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ ขององค์กรมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ภาคเหนือ, มาตรฐานเกษตรธรรมชาติ, กสิกรรมไร้สารพิษ เป็นต้น หรือแม้แต่ซุปเปอร์มาร์เก็ตบางแห่งก็ได้พัฒนามาตรฐานและตรารับรองผลิตภัณฑ์ ของตัวเองขึ้นด้วย (เช่น วงจรคุณภาพของคาร์ฟูร)
โดยภาพ รวมแล้ว การมีระบบมาตรฐานและการตรวจรับรองสำหรับระบบเกษตรต่างๆ ในประเทศไทยน่าจะเป็นผลดีต่อผู้ผลิต เพราะอย่างน้อยก็ทำให้เกิดความแตกต่างของผลผลิต ซึ่งช่วยสร้างโอกาสทางการตลาดใหม่เพิ่มขึ้น แต่สำหรับผู้บริโภคแล้ว การมีมาตรฐานและตรารับรองหลากหลายทำให้เกิดความสับสน เพราะผู้บริโภคไม่สามารถที่จะเข้าใจถึงรายละเอียดมาตรฐานทางเทคนิค (ซึ่งที่จริงแล้ว แม้แต่นักวิชาการและเจ้าหน้าที่ราชการเองก็ยังไม่เข้าใจและสับสนในมาตรฐาน ต่างๆ)
โดยภาพรวมแล้ว สามารถแบ่งการรับรองมาตรฐานได้เป็น 2 กลุ่ม คือ (ก) เกษตรอินทรีย์-เกษตรยั่งยืน ที่เน้นในเรื่องการอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม และ (ข) อาหารปลอดภัย ที่เน้นในเรื่องความปลอดภัยต่อผู้บริโภค
ประเภท | ตัวอย่างมาตรฐาน | ปุ๋ยเคมี | สารเคมีกำจัดศัตรูพืช | สารเคมีกำจัดวัชพืช |
| อาหารปลอดภัย | ปลอดภัยจากสารพิษ เกษตรดีที่เหมาะสม | อนุญาตให้ใช้ | อนุญาตให้ใช้ | อนุญาตให้ใช้ |
| เกษตรอินทรีย์ – เกษตรยั่งยืน | เกษตรอินทรีย์ เกษตรธรรมชาติ กสิกรรมไร้สารพิษ | ไม่อนุญาต | ไม่อนุญาต | ไม่อนุญาต |
จากการสำรวจสินค้าการเกษตรในตลาดใน กรุงเทพ โดยกรีนเนท ในช่วงเดือนเมษายน 2552 พบว่ามีการใช้ตรารับรองผลผลิตเกษตรทั้งหมด 6 ตรา ดังนี้
| ตรารับรอง | มาตรฐาน | หน่วยงานรับรอง | กรอบมาตรฐาน | เริ่มปี |
 | เกษตรอินทรีย์ | เกษตรอินทรีย์ | 2538 | |
 | เกษตรอินทรีย์ | เกษตรอินทรีย์ | 2544 | |
 | เกษตรดีที่เหมาะสม | เกษตรดีที่เหมาะสมโดยกรมวิชาการเกษตรและ มกอช. | 2546 | |
 | ปลอดภัยจากสารพิษ(บางครั้งก็เรียก “อนามัย”) | กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ | Codex’s MRL และMRL ของประเทศไทย | 2526 |
 | การรับรองระบบตรวจสอบสารพิษตกค้างในผักสด/ผลไม้สด | มีระบบการตรวจวิเคราะห์สารพิษตกค้างของผลผลิตผักสดและผลไม้ | 2542 | |
วงจรคุณภาพ | ความปลอดภัยของอาหาร ที่จำหน่ายในคาร์ฟูร์ | 2543 | ||
 | เกษตรอินทรีย์ | เกษตรอินทรีย์ | 2540 | |
เกษตรธรรมชาติ | กรมการศึกษานอกโรงเรียน กระทรวงศึกษาธิการ | เ๋กษตรธรรมชาติ | — |
